La société attribue plusieurs prix scientifiques pour des contributions dans différents domaines de la botanique. Les lauréats sont annoncés pendant la réunion scientifique de la société et sont invités à donner une présentation orale.
 

• le prix Émile De Wildeman pour la botanique tropicale (africaine)
   
• le prix Léo Errera pour physiologie, morphologie, génétique ou biologie moléculaire des plantes
   
• le prix François Crépin pour des travaux sur la fore et la végétation de Belgique et régions limitrophes
   
• le prix Émile Marchal pour mycologie, microbiologie ou phytopathologie
   
• les prix Young Botanist pour les meilleurs travaux de fin d'études (master) en botanique